En 1999, à mi-parcours, le comité interministériel de l'aménagement et du développement du territoire (CIADT) redéfinit les orientations du plan initial

Il acte notamment l'abandon du projet de barrage de Chambonchard. 

La mise en valeur du patrimoine naturel, paysager et culturel des vallées ligériennes s'ajoute aux objectifs du Plan Loire Grandeur Nature. Le CIADT décide de mobiliser les contrats de plan État-Région des 7 principales régions du bassin pour appuyer la mise en oeuvre de cette déclinaison.