Le plan Loire 2007-2013 repose sur un contrat de projet inter-régional (CPIER) signé entre l’État, l’Etablissement public Loire, l’Agence de l’eau Loire-Bretagne les Régions Auvergne,  Basse-Normandie, Bourgogne, Centre,  Languedoc-Roussillon, Limousin , Pays de la Loire, Poitou-Charentes, Rhône-Alpes.

Le plan Loire bénéficie également d’un financement par un programme opérationnel du Fonds européen de développement régional (FEDER) adopté par la commission européenne.

La gouvernance du plan Loire est assurée par :

• le comité de gestion et des comités régionaux qui prennent les décisions de financement des projets ;
• la conférence des acteurs qui rassemble l’ensemble des acteurs du plan Loire. Elle participe aux prises de décision stratégiques, analyse les adaptations nécessaires au bon déroulement du plan et pilote l’évaluation ;
• un conseil scientifique du plan Loire qui assiste les partenaires.